Penjaminan mutu di lingkungan Universitas Muhammadiyah Surakarta dilakukan oleh Lembaga Penjaminan Mutu (LJM)-UMS memberikan fokus utama pada peningkatan kualitas dibidang akademik. Selanjutnya LJM akan terus berusaha memperbaiki kualitas dibidang akademik lainnya yaitu penelitian dan pengabdian masyarakat, serta akhirnya bidang non-akademik (keuangan, administrasi, dll). Pada akhirnya target utama ke depan adalah terbentuknya sistem penjaminan mutu yang sistematis dan terpadu baik bidang akademik dan non-akademik di lingkungan UMS sebagai perwujudan dalam mendukung visi UMS yakni “pada tahun 2029, Universitas Muhammadiyah Surakarta menjadi Pusat Pendidikan dan Pengembangan IPTEKS yang Islami dan memberi arah perubahan”.